Verschillende vervormingen van de cellen van de stengels van het graan doen vermoeden dat er ook microgolven aan de pas komen bij het onstaan van graancirkels. De microgolfhypothese komt dus niet helemaal uit de lucht gevallen. Er gaan geruchten dat graancirkels het gevolg zouden kunnen zijn van geheime militaire operaties, waarbij hoogvermogen microgolfwapens of lasers worden getest, bijvoorbeeld vanuit satellieten. Ondanks het feit dat hiermee een verklaring zou gegeven zijn voor de verschillende abnormaliteiten rondom de graancirkels (de vormen, het plotseling veelvuldig verchijnen op diverse plaatsen, de afwezigheid van sporen, warmte, brandsporen,...) zijn er toch verschillende twijfels bij deze hypothese. Maar het is niet uitgesloten dat microgolven of lasers betrokken zijn bij de formatie van een graancirkel.